Kako so kontigi sestavljeni v odre?

2024 Avtor: Miles Stephen | [email protected]. Nazadnje spremenjeno: 2023-12-15 23:40

Pri ustvarjanju osnutka genoma so prvi odčitki DNK sestavljeni v kontige , ki je po naravi svojih montažo , imajo med njimi vrzeli. Naslednji korak je do nato premostite vrzeli med temi sega do ustvariti oder . To je mogoče storiti z optično preslikavo ali zaporedjem parov.

Podobno se lahko vprašate, kaj so kontigi in odri?

A oder je del zaporedja genoma, rekonstruiran iz končno zaporednih klonov s celotnim genomom. Odri so sestavljeni iz kontigi in vrzeli. A contig je sosednja dolžina genomskega zaporedja, v kateri je vrstni red baz znan z visoko stopnjo zaupanja. V nekaterih primerih, odri se lahko prekrivajo.

Tudi, kaj so kontigi v bioinformatiki? A contig (iz contiguous) je niz prekrivajočih se segmentov DNK, ki skupaj predstavljajo konsenzno regijo DNK. Kontigi se tako lahko nanaša tako na prekrivajoče se zaporedje DNK kot na prekrivajoče se fizične segmente (fragmente), ki jih vsebujejo kloni, odvisno od konteksta.

Kako so v zvezi s tem sestavljeni kontigi?

Nabor prekrivajočih se zaporedij DNK fragmentov DNK je znan kot a contig . Contig preslikavanje je postopek, s katerim se prekrivajo kloni sestavljeni zaporedje tega prekrivanja. To vključuje ureditev kontigi v redu in orientaciji. Klon kontigi lahko samodejno sestavljeni z uporabo njihovih zaporedij na koncu BAC.

Zakaj so kontigi pomembni?

Contig montaža je pomembno korak v sestavljanju genoma. Za preslikavo se prekrivajoči kloni sestavijo v zaporedje, ki se prekriva. Vsak fragment je kloniran v vektorju in sekvenciran z obeh koncev, da nastane zaporedje dolžine približno 600–700 bp. Zaporedje z obeh koncev fragmenta DNA se imenuje parni konec.